纳税人申请留抵退税后其留抵税额可能发生变化，应如何计算允许退还的留抵税额？

 　　根据《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》(国家税务总局公告2025年第20号)规定，十、纳税人在办理留抵退税期间发生下列情形的，按照以下规定确定允许退还的留抵税额：
 　　(一)因纳税申报、稽查查补和评估调整等原因，造成期末留抵税额发生变化的，按照最近一期增值税及附加税费申报表“期末留抵税额”确定允许退还的留抵税额。
 　　(二)纳税人在同一申报期既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，或者在纳税人申请办理留抵退税时存在尚未经税务机关核准的免抵退税应退税额的，应当待税务机关核准免抵退税应退税额后，按照最近一期增值税及附加税费申报表“期末留抵税额”，扣减税务机关核准的免抵退税应退税额后的余额确定允许退还的留抵税额。
 　　税务机关核准的免抵退税应退税额，是指税务机关当期已核准，但纳税人尚未在增值税及附加税费申报表相关栏次中填报的免抵退税应退税额。
 　　(三)纳税人既有增值税欠税，又有期末留抵税额的，按照最近一期增值税及附加税费申报表“期末留抵税额”，抵减增值税欠税后的余额确定允许退还的留抵税额。
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 　　十四、本公告自2025年9月1日起施行。